Профессия — биоинформатик

Что это такое?

Информатика – отрасль науки, изучающая структуру и общие свойства информации, а также вопросы, связанные с ее сбором, хранением, поиском, переработкой, преобразованием, распространением и использованием в различных сферах деятельности. Биоинформатикой же называют информатику в применении к молекулярной биологии.

Все знают, что прочитан геном человека. Что такое геном с точки зрения информатики? Это длинный текст, содержащий около 3 млрд букв (нуклеотидов A, T, G, C). И все. Одной из проблем биоинформатики является установление смысла этого текста.

Разумеется, кроме самой последовательности ДНК есть много дополнительной экспериментальной информации.

Далеко не все гены человека известны, о функциях многих генов нет данных. Задача биоинформатики заключается в том, чтобы найти ранее неизвестные гены и описать их предположительную функцию. Как ищутся гены? Это трудная задача. Здесь на помощь приходит математика. В гигантском массиве информации с помощью современных математических методов ищутся скрытые закономерности, которые и позволяют находить гены и предсказывать их свойства.

Говоря о геноме, обычно проводят аналогию с расшифровкой древних рукописей, когда текст известен, а язык — нет. Эта задача неразрешима до тех пор, пока у нас нет никаких представлений о содержании текста. Однако, если мы хотя бы примерно представляем, о чем этот текст, то появляется надежда на его осмысление. В биоинформатике ситуация лучше, чем при расшифровке древних письмен, поскольку ее предсказания могут быть проверены экспериментально.

Гены кодируют белки, поэтому предсказание функции гена — это то же самое, что предсказание функции белка. Для многих белков функции известны из эксперимента. Используя эти данные, метод аналогий и другие методы современной математики, иногда удается предсказать функции других белков.

Сейчас в современных лабораториях часто используют технику массовых экспериментов, когда в одном опыте получают информацию о тысячах генов. Разобраться в этом море информации можно только с помощью компьютера. Проект «Геном человека» — типичный пример такого подхода. Другой пример. Если определить активность всех генов в здоровой и раковой клетке, то после анализа данных можно узнать, какие гены отвечают за перерождение здоровой клетки в раковую. Все было бы просто, если бы такие экспериментальные данные не содержали в себе очень много шума, т.е. ошибок.

Гены — это последовательности ДНК, белки — это аминокислотные последовательности. Функциональность белков определяется их пространственной формой. При этом белки, имеющие разные аминокислотные последовательности, могут иметь очень похожую пространственную структуру. Одной из классических (и до сих пор не решенных) задач биоинформатики является предсказание пространственной структуры белка по последовательности аминокислот. Уже более 5 лет существуют международные соревнования методов предсказания пространственной структуры белка по его последовательности.

Почему это интересно?

Анализ геномов приносит множество новой информации. В настоящее время расшифровано более 200 геномов различных бактерий, каждый из которых содержит несколько тысяч генов. Для того чтобы охарактеризовать один ген, требуется несколько месяцев напряженной работы экспериментаторов. С другой стороны, для того чтобы достаточно подробно описать один бактериальный геном средствами биоинформатики, достаточно примерно месяца работы небольшой группы исследователей.

В геноме человека около 35 тыс. генов (всего в 10 раз больше, чем у бактерии, и в 2 раза больше, чем у плодовой мушки), а количество синтезируемых белков гораздо больше. В чем же дело? Оказывается, что очень часто один ген кодирует несколько разных форм белка. За это отвечает явление, названное альтернативным сплайсингом. Биоинформатика впервые показала, что количество генов, имеющих альтернативный сплайсинг, очень велико. Осталось загадкой, как все это регулируется.

В клетке не все гены должны работать одновременно. Для того чтобы гены работали, как слаженный оркестр, необходимо, чтобы гены включались только тогда, когда их работа необходима. Этим заведует система регуляции генов, анализ которой позволил обнаружить принципиально новые способы регуляции – рибопереключатели.

Еще одно направление — исследование эволюции всего живого. Здесь тоже есть много открытий, например горизонтальный перенос генов между видами. Биоинформатика в некоторых случаях позволяет не только показать эти случаи, но также и датировать их.

Зачем это нужно?

Биология и биоинформатика являются не только способами познания мира, но имеют и прикладное значение, прежде всего в медицине и биотехнологии.

Биоинформатика играет существенную роль в поиске новых лекарственных препаратов и мишеней для них, а также в отбраковке неперспективных лекарств. Приведу пример.

Все вы слышали про мыло Safeguard, которое убивает микробы. Оказалось, что есть весьма опасные стрептококки, не чувствительные к его действующему началу — триклозану. Сначала это было показано с помощью компьютерного анализа геномов стрептококков, а потом подтверждено экспериментально.

Еще пример — анализ генетических данных людей здоровых и с каким-либо заболеванием, например ишемической болезнью сердца. Нет одного гена, ответственного за эту болезнь. Однако сопоставление данных по большому количеству больных позволило найти так называемые ассоциации — набор генов предрасположенности к указанной болезни, и тем самым дает возможность определить генетическую группу риска.

Биоинформатика широко используется в биотехнологии, задачу которой в общем виде можно сформулировать как получение как можно большего количества целевого продукта из 1 г, например, сахара. Для этого надо детально изучить пути биосинтеза, исследовать систему регуляции, найти в других организмах более эффективные ферменты. Здесь тоже всю подготовительную работу может взять на себя биоинформатика.

Важность этого направления науки можно показать и косвенно. Достаточно сказать, что в мире есть несколько крупных научных биоинформатических центров, есть коммерческие компании, предоставляющие биоинформатические услуги. Любая крупная или средняя фармацевтическая или биотехнологическая компания имеет отдел биоинформатики. Сейчас многие университеты готовят специалистов в этой области. В нашей стране возрождается фармацевтическая и биотехнологическая промышленность, которой в скором времени потребуются специалисты. Академическая наука также нуждается в грамотных биоинформатиках.

Что надо знать и уметь?

Грамотный биоинформатик должен иметь разностороннее образование. Он должен хорошо знать биологию. Кроме того, он должен владеть многими методами математики: статистикой, теорией вероятностей, вычислительной математикой, теорией алгоритмов. Надо знать физику и химию — чтобы не делать глупостей. Необходимо знать английский язык — чтобы читать научную литературу. Надо постоянно интересоваться новыми результатами как в биоинформатике, так и в биологии в целом.

В общем, надо быть культурным человеком и постоянно стремиться узнавать что-нибудь новое.